La Parrocchiale, dedicata a santo Stefano Protomartire, è fra gli edifici ecclesiastici della Regione più importanti, in linea d'arte. Fu ricostruita sull'area delle precedenti (delle quali è conservata l'abside romanica, monumento nazionale, di stile lombardo, del 1100 circa), per ordine del cardinale Carlo Borromeo, in visita ad Appiano nel 1576, su progetto dell'architetto Pellegrino Tibaldi. Durante i secoli subì vari rifacimenti, venne ampliata con crociera, dotata di maestosa cupola, di una artistica scalinata a due rampe ed una splendida facciata di linea barocca. Fu consacrata il 27 gennaio 1901.

Di fianco alla Parrocchiale si trovano il Battistero ottagonale del 1605 ed il campanile, ricostruito fra il 1760 e 1766.

Recuperata durante i lavori di ampliamento della chiesa (1885-1891) con la  demolizione della cinquecentesca abside poligonale, fu poi restaurata nel 1913 dall’arch. Federico Frigerio. Dichiarata monumento nazionale con  decreto ministeriale del 19.5.1912.

Fu edificata per decreto di S. Carlo Borromeo (1574) che suggerì l’accorpamento delle “contigue chiese di S. Antonino e di S. Giovan Battista”. Tra i due progetti firmati dall’insigne architetto Pellegrino Tibaldi fu scelto quello di “una nave granda con 4 o 5 cappelle per parte”. Le nove cappelle dell’epoca ricche di affreschi e di tele di Jacopo Cavedone, di Panfilo Nuvolone e presumibilmente di Isidoro Bianchi e di G.B. e G.M. della Rovere sono quelle dedicate a S. Luigi, S. Stefano,  S. Anna, S. Giovan Battista, S. Ambrogio, S. Carlo, S. Benedetto, alla Madonna del Rosario e a S. Pietro. La cappella dell’angelo custode venne invece ricavata agli inizi del Novecento nello spazio sino allora occupato dall’antico organo. 

L’attuale cappella battesimale fu voluta da S. Carlo e realizzata vent’anni dopo la sua morte. L’impegno della popolazione e del prevosto Bartolomeo Caniano è ancora ben riflesso su un’apposita lapide. La decorazione pittorica ed il fonte vennero rifatti per volontà del prevosto  Mons. Attilio Crespi a metà Novecento.  

Ricostruito a causa di una parziale demolizione della torre precedente causata da un fulmine; vi lavorò più di ogni altro lo scalpellino Carlo Giuseppe de Donati. Il disegno della meridiana datato 1868 porta la seguente iscrizione:

Nel 1878 l’appianese Cesare Fontana lo dotò di un bell’impianto di orologi. Rifacimenti o riparazioni della cella campanaria  vennero eseguiti nel 1846 e nel 1946 quando vi furono installate le otto campane esistenti.  

 Furono eseguite su disegno e sotto la direzione dell’ing. G. Battista Salvioni, capovolgendo l’orientamento della chiesa. Degna di memoria la partecipazione dell’emigrante appianese John Ortelli che il 18 novembre 1885 da Londra scriveva al prevosto Giachetti: “Darò con piacere cinque mille lire se entro l’anno venturo saranno incominciati i lavori di ingrandimento della nostra chiesa. Sono molti anni che se ne parla”.  

Furono costruiti su disegno dell’arch. Federico Frigerio e grazie soprattutto al lascito testamentario di Angela Bianconi Ortelli. Statue e figure presenti sulla balconata e sulle gradinate sono opera dello scultore comasco Pietro Clerici. L’inaugurazione della facciata ebbe luogo il 4 gennaio 1914. Il resoconto finanziario dell’operazione ebbe termine nel 1922.

 Notevoli le presenze in prepositurale anche dell’altare maggiore di evidente fattura seicentesca, della vetrata del martirio di S. Stefano progettata nell’ottocento nella bottega dei Bertini, della cantoria e dell’organo in controfacciata eseguiti su progetto dell’architetto Frigerio nel 1909.