Nell’anno 1653, nei pressi di un oratorio dedicato a S. Michele arcangelo, ormai cadente e non più restaurato, per volere del popolo, che vi concorse con ogni genere di offerte, incominciò la costruzione della chiesa che venne benedetta sulla fine del 1657.
Ebbe il campanile nel 1661.
Venne subito abbellita dal pittore appianese Isidoro Bianchi (allievo del Morazzone) con due affreschi che furono restaurati nel 1876. Il pavimento venne rifatto nel 1932 e nel 1965 una bellissima porta venne ad arricchire la chiesetta, meta di devozione di grandi e piccoli.
Porta il nome di “Santa Maria alla Fontana” da un getto d’acqua chiamato fontanino che dà il nome anche alla piazzetta.